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並非所有的土壤都被歸類為礦物質土壤。有些是有機的，有不同的起源。有機土壤主要來源於有機物質的緩慢分解，主要是植物殘體，形成於濕地、沼澤和淺水湖泊中沉積物的緩慢積累。有機土壤具有不同的結構，通常礦物質含量很低。

土壤不是岩石圈微生物的**重要棲息地。 現在可以檢測到岩石區域表麵之下非常深的微生物的存在，例如地下達3500米。 雖然細菌、真菌、原生動物和藻類可以在淺層發現，但細菌在深部也占主導地位。 黄瓜官网在线入口還在沉積物、沉積岩、爆炸和斷裂火成岩形成的透水地層中發現了微生物。 它們位於這些地層的多孔區域，或沉積顆粒或岩石的表麵，在那裏形成微生物濃度或生物膜。

細菌在形態學和物理學上有很大的差異。由於營養的限製，原位反應速率很低。但是黄瓜官网在线入口仍然在岩石圈表麵以下發現了許多生命的跡象。